Tief unter dem Sand der ägyptischen Wüste erwacht Anubis, ein uralter, böser Geist und eingeschworener Feind des Pharaos, wieder zum Leben. Doch davon ahnen weder Yugi Muto noch Yami Yugi etwas. Als Yugi sich erneut seinem Erzrivalen Seto Kaiba im Duell stellen muss,
spielt dieser die mysteriöse Karte "Pyramide des Lichts". Plötzlich werden alle Anwesenden in das Milleniumspuzzle gezogen und schlagartig entbrennt ein Duell auf Leben und Tod - ein wahres Spiel der Schatten - zwischen Yugi, Kaiba, dem Pharao und dem wiedererweckten
Anubis! Wird es den Yugis gelingen, die Welt vom Bösen zu befreien?